Hem wordt betrokkenheid bij ontvoeringen, folteringen en moorden verweten. Von Wernich is de eerste priester die zich voor zijn rol tijdens de dictatuur in Argentinië (1976-1983) voor de rechter moet verantwoorden. Tijdens het proces in La Plata, de hoofdstad van de provincie Buenos Aires, zullen mogelijk 120 getuigen het woord voeren.Von Wernich, die van immigranten uit Duitsland afstamt, zou in geheime gevangenenkampen bij folteringen hebben toegekeken en in zijn functie van geestelijk verzorger gedetineerden ertoe hebben overgehaald andere tegenstanders van het regime te verraden. Die zijn later vermoord.

Het proces kan de discussie over de rol van de Rooms-Katholieke Kerk weer oprakelen. Critici van de toenmalige bisschoppen, zoals Nobelprijswinnaar Adolfo Pérez Esquivel, verwijten de toenmalige leiders van de kerk dat zij zwegen, hoewel zij van de misdaden van het regime op de hoogte waren. Verscheidene priesters en andere kerkelijke werkers zouden zelf aan folteringen en andere misdaden hebben deelgenomen.

Hoewel de commissie die de misdaden onder de militaire dictatuur onderzocht, al in 1984 Von Wernich van betrokkenheid bij misdaden beschuldigde, kon hij nog verscheidene jaren als priester actief blijven. In 2003 werd hij gearresteerd.