Hij studeerde theologie aan de VU in Amsterdam en in Kampen. Hij werd in 1942 gereformeerd predikant te Overschild, waar hij zich na enkele jaren aansloot bij de Gereformeerde Kerken vrijgemaakt. Vervolgens was hij predikant te Groningen (1946), Batavia (Indonesië) (1948), Grootegast-Gerkesklooster (GKV) en Amsterdam-Centrum (1952). Toen een poging tot samengaan van deze laatste gemeente met de (synodaal) gereformeerde kerk van Amsterdam-Watergraafsmeer mislukte, sloot Van der Stoel zich aan bij de Gereformeerde Kerken. Hij werd in 1968 predikant te Diemen-Watergraafsmeer-Bijlmer, waar hij bleef tot zijn emeritaat in 1975. Ds. Van der Stoel was een van de oprichters van het blad De Vrije Kerk, dat later uitgroeide tot het Nederlands Dagblad.