De Portugese synagoge en de bijgebouwen zijn ontworpen door Elias Bouman. De bouw startte in 1671, maar door het rampjaar 1672 en een zware orkaan konden de inwijdingsplechtigheden pas plaatshebben op 2 augustus 1675. In navolging van de tempelwijding in Jeruzalem duurden die acht dagen. Bij oplevering was de Portugese synagoge de grootste ter wereld.De synagoge staat aan een voorplein, omgeven door lage dienstgebouwen. Deze aanleg, en de vorm van het gebouw zelf, verwijzen naar de tempel van Salomo in Jeruzalem. Daarvan had rabbijn Jacob Juda Leon in 1641 een houten model gemaakt. Een replica van het model is te zien in het Bijbels Museum.

De sobere classicistische bouwtrant, bekend als de „strakke” stijl, is vergelijkbaar met die van protestantse kerken uit deze periode. De gevels zijn bekroond door een zandstenen lijst met balustrade. Van binnen is de driebeukige synagoge voorzien van houten tongewelven. De oorspronkelijke inrichting -arke, banken, koperen kronen en kandelaars- is bijna volledig bewaard gebleven.

Sinds de restauratie van 1953-1959 doet het nabijgelegen auditorium van het seminarium dienst als wintersynagoge. De „Snoge” zelf wordt niet verwarmd, net als in de zeventiende eeuw.

De Rijksdienst voor de Monumentenzorg in Zeist maakte een selectie van de meest representatieve monumenten uit het Nederlands bouwkundig erfgoed. Dit is het vierde deel in een serie van vijf over religieuze monumenten.