De kleine synode dwong de bestuurlijke top van de kerk in oktober nieuwe regels te hanteren voor het opstellen van begrotingen en jaarrekeningen om die duidelijker en inzichtelijker te maken. Een van de eisen was toen dat er een totaalbegroting zou komen waarin weer verschillende deelbegrotingen zouden worden opgenomen voor onder andere de Protestantse Kerk en de zogenaamde Dienstenorganisatie -het landelijk dienstencentrum en de regionale dienstencentra- van de kerk.De conceptbegroting van 2006 is volgens de nieuwe regels opgesteld. Toch waren er opnieuw vragen over de inzichtelijkheid. Zo stelden de Generale Raad van Advies (GRA) en de Commissie van Rapport voor allerlei gelden voor hulpacties op de begroting niet als eigen vermogen op te voeren omdat dat onduidelijkheid in de hand kan werken. Het gaat dan vaak om grote bedragen die de kerk binnenkrijgt om hulp te verlenen in rampsituaties. Omdat dat geld niet direct kan worden besteed, wordt het in een zogenaamde bestemmingsreserve gestopt. Wanneer de hulp verleend wordt, wordt aan die bestemmingsreserves geld onttrokken.

In oktober ontstond er veel ophef over een intern memorandum van de Vereniging voor Kerkrentmeesterlijk Beheer (VKB), dat naar buiten gebracht werd door het dagblad Trouw. Daarin werd gezegd dat het er met de financiën van de Protestantse Kerk veel slechter voorstond dan de kerk zelf aangaf. Zo zou er geen tekort zijn van ruim 1 miljoen euro, maar van ongeveer 7 miljoen euro.

Volgens de directeur van de Dienstenorganisatie van de PKN, Haaije Feenstra, waren de verschillen in de genoemde bedragen toen vooral te wijten aan het anders definiëren van verliezen en aan het werken met bovengenoemde bestemmingsreserves. Niet iedere onttrekking aan de reserves is volgens hem te scharen onder de noemer ”verlies”. Wanneer bijvoorbeeld geld dat de kerk had binnengekregen om hulp te verlenen in rampgebieden daadwerkelijk wordt uitgegeven, is dat volgens Feenstra geen verlies. GRA en Commissie van Rapport drongen er vrijdag echter opnieuw op aan dit duidelijker te vermelden in de begroting.

Voor 2006 houdt de kerk rekening met een verdere daling van de inkomsten. Dat heeft te maken met een afname van het ledental, maar ook met de scheuring van 1 mei 2004, waardoor de Hersteld Hervormde Kerk ontstond. Diaken E. de Vries uit Amsterdam vroeg zich af of de verwachte extra afname van de zogenoemde quotuminkomsten door de scheuring met 100.000 euro wel een goede schatting is. Directeur Feenstra zei dat hij, op grond van de ontwikkelingen in 2004 en 2005, denkt dat het een „werkbare schatting” is die „niet te optimistisch” is.

Ook waren er vragen over het wel of niet vervullen van een aantal vacatures bij de Dienstenorganisatie. Officieel zijn daar 399 formatie-eenheden (fte’s), terwijl in de begroting vermeld wordt dat er 23 vacatures zijn. „Beogen we nu op 399 uit te komen of op 376?” zo vroeg de GRA zich af. Volgens Feenstra wordt er met de invulling van vacatures een terughoudend beleid gevoerd. „Maar we moeten wel keuzes kunnen maken. We zeggen niet: er wordt geen enkele vacature opgevuld. Als we er als kerk bijvoorbeeld voor kiezen in te zetten op jeugdwerk en er komt ergens een vacature en we vinden het nodig dat die vervuld wordt, dan moet dat ook gebeuren. Daarom: voorzichtigheid, maar geen absolute vacaturestop.” Volgens directeur Feenstra is de begroting voor 2006 sluitend. K. H. A. Zieleman, lid van de GRA, bestreed dat. „Er wordt geld onttrokken aan de reserves om de begroting sluitend te maken. Dat is niet erg, maar wees daar wel eerlijk over. Anders krijg je weer onduidelijkheid.” Volgens de GRA wordt in 2006 220.000 euro onttrokken aan het eigen vermogen. In 2005 was dat ruim 610.000 euro.