De VGKN ontstond in mei 2004 uit een aantal gereformeerde kerken die niet mee wilden in de Protestantse Kerk in Nederland. Deze kerk ontstond op 1 mei 2004 uit een fusie van de Nederlandse Hervormde Kerk, de Gereformeerde Kerken in Nederland en de Evangelisch-Lutherse Kerk in het Koninkrijk der Nederlanden.

In een voorwoord onder de titel ”Ons eerste Jaarboekje…”, met als ondertitel ”en dat we er nog maar vaak getuige van mogen zijn!” noemt scriba ouderling G. H. Bakker uit Garderen het jaarboekje „een blijk van vertrouwen.” „Vertrouwen in elkaar als kerken - we geven elkaar een hoop informatie over ons reilen en zeilen, je zou kunnen zeggen: We mogen bij elkaar in de keuken kijken. Vertrouwen in ons eigen kleine kerkverband - het leeft, is actief bezig, het heeft elan en toekomst. Vertrouwen in de Heer - als we niet zouden weten dat Hij ons die toekomst biedt, waarom zouden we ons dan nog moeite geven?”

De scriba van de VGKN zegt dat er voor zijn gevoel een omslagpunt in het denken over het eigen kerkverband kwam tijdens de synode van Noordwolde. „Het vertrouwen in de toekomst was daar. Het zaadje, dat we hadden gezaaid, had wortel geschoten en stak voorzichtig het kopje boven de grond uit.”

Het kerkverband telt vijf gemeenten: Boornbergum-Kortehemmen, Frieschepalen-Siegerswoude, Garderen, Harkema en Noordwolde. In Noordwijk is een gemeente in oprichting. Het verband telt in totaal 2810 zielen. Harkema is met 1124 zielen de grootste kerk van de VGKN.

Het kerkverband heeft drie gemeentepredikanten, in de personen van ds. K. J. Bijleveld, synodepreses (Garderen), ds. J. J. Douma-van der Molen (Frieschepalen) en ds. T. E. Heslinga (Harkema). Mevrouw ds. A. van Harten-Tip is predikant zonder gemeente. Ze is ook actuaris van de synode. Onlangs is preekconsent verleend aan mevrouw drs. M. J. M. Sytsma-van Oeveren en G. J. Heinen.