Hij zat ruim tien jaar achter de tralies op beschuldigingen van moord, afpersing en corruptie. Ook Bhutto, die eind 2007 werd vermoord, was geregeld doelwit van justitie.Zardari en Bhutto hebben de aantijgingen altijd tegengesproken. Volgens hen werd Zardari steeds om politieke redenen gearresteerd. Feit is dat hij steeds werd opgepakt als de grootste tegenstander van de familie Bhutto, Nawaz Sharif, premier was. Gedurende de periodes dat Bhutto de regering leidde, bekleedde Zardari een ministerspost en zat hij in het parlement.

De zakenman Zardari leidde aanvankelijk een onopvallend bestaan. Als zoon van een grootgrondbezitter ging zijn aandacht vooral uit naar de paarden– en polosport. Tijdens zijn studententijd genoot hij de reputatie van playboy.

Aan zijn anonieme leventje kwam in 1987 een einde toen zijn moeder en de moeder van Benazir Bhutto bedisselden dat de twee met elkaar moesten trouwen. De dochter van de in 1979 vermoorde ex–premier Zulfikar Ali Bhutto, was toen al een politiek leider en bekend figuur.

Toen Bhutto in december 2007 werd vermoord, bleek uit haar testament dat Zardari haar als leider van de Pakistaanse Volkspartij (PPP) moest opvolgen. Zardari, die kampt met een slechte gezondheid, schoof zijn 19–jarige zoon Bilawal naar voren als leider. Hijzelf wilde slechts tijdelijk waarnemend voorzitter zijn. Toen president Pervez Musharraf afgelopen augustus onder druk moest aftreden, liet Zardari plotseling weten president te willen worden.