Nieuwenhuys was geen man van gebaande wegen. Met Cobra klom hij aan het eind van de jaren veertig al op de barricade om de strijd aan te binden met de gevestigde kunstorde. Hij pleitte voor een nieuwe maatschappij met een nieuwe kunst. Voorbeeld moest daarbij de belevingswereld zijn van wat toen nog ’primitieve’ volken heetten, of van kleine kinderen. Zij immers konden nog open en onbevangen naar dingen en situaties kijken. Hij bestookte de wereld met vele manifesten en geschriften.

In 1950 vestigt hij zich in Parijs. Zijn werk komt steeds meer in het teken te staan van verwerking van de oorlog. Destructie wordt een thema dat steeds terugkeert in zijn werk. Hij schildert een brandend huis, een gevallen fietser, hulpeloze gewonden en doden. Zelfs de wanden van zijn kamer hangen vol met die verschrikkingen.

Na drie jaar keert hij terug naar Amsterdam en begint met beeldhouwen. Ook verdiept hij zich in nieuwe architectuur. In 1958 sluit hij zich aan bij Situationiste, een beweging die alternatieven ontwikkelt voor stedenbouwkundige en maatschappelijke structuren. Vanaf de jaren zestig begint hij aan New Babylon, een blauwdruk voor een nieuwe, moderne samenleving.

Hij gaat ervan uit dat de productie in de toekomst volledig geautomatiseerd zal zijn. De mens heeft dus alle tijd voor de ontwikkeling van zijn creatieve talenten en zal daardoor, moreel gezien, een beter wezen worden. Hij geeft zijn plannen weer in maquettes, schilderijen, tekeningen, grafieken en teksten. De provobeweging vindt het prachtig. Verder krijgt New Babylon weinig navolging, iets wat Nieuwenhuys moeilijk kan verwerken.

Teleurgesteld stort hij zich vanaf het eind van de jaren zeventig weer op de schilderkunst. Oude meesters als Rubens, Cézanne en Titiaan zijn dan zijn voorbeeld. Maar het bloed kruipt waar het niet gaan kan; in 1983 maakt hij een stuk dat hij opdraagt aan Amnesty International. Volgens directeur John Vrieze van het Cobra Museum in Amstelveen is maatschappelijk engagement de rode draad in het leven van Nieuwenhuys. „Hij is zijn hele leven een idealist geweest en gebleven. Belangrijke architecten als Rem Koolhaas hebben zich door zijn ideeën over architectuur en maatschappij laten inspireren. Maar voor de hele Nederlandse kunstwereld is hij een hele belangrijke inspiratiebron geweest".