Voor de aanleg van vloerverwarming werden stukken muur van de tufstenen crypte en kloostermoppen, middeleeuwse bakstenen, weggehaald en niet meer teruggeplaatst, bevestigt stadsarcheoloog Michel Groothedde. Ook werd er te diep in de grond gegraven en werd de vloerverwarming niet om historische elementen heen aangelegd. De Rijksdienst voor het Cultureel Erfgoed deed daar aangifte van.

De hoofdaannemer erkende schuld en betaalde een boete van 6000 euro. Een onderaannemer die alleen was ingehuurd voor het verwijderen van de vloer, liet de zaak voorkomen bij de economische politierechter in Zutphen. Die sprak hem deze week vrij. De rechter zei niet te kunnen vaststellen dat het bedrijf uit de Achterhoek te weinig had gedaan om de illegale sloop te voorkomen. De hoofdaannemer wordt verantwoordelijk gehouden.

De beschadigde crypte ligt nu weer verborgen onder de nieuw aangebrachte vloer in het oudste deel van de kerk, een Romaanse basiliek met een hoogkoor en daaronder de crypte, die Otto van Zutphen rond 1100 liet bouwen in opdracht van de bisschop van Utrecht. In de dertiende eeuw werden het middenschip en de toren bijgebouwd. De kerk was gewijd aan de heilige Walburga. In 1591 kwam de Sint Walburgiskerk in protestantse handen. Vier jaar later werd het gewelf van de crypte gesloopt. De crypte werd dichtgegooid en met een vloer toegedekt.

De protestantse gemeente in Zutphen droeg de Walburgiskerk in 2016 over aan Stichting Oude Gelderse Kerken. De exploitatie van het rijksmonument ligt bij een lokale stichting. De kerk wordt verhuurd voor onder andere concerten, lezingen en evenementen. Van Pasen tot begin november is er elke zondagochtend een kerkdienst; voor de overige zondagen wordt de voormalige gereformeerde kerk De Wijngaard gebruikt.