Vanaf het einde van de negentiende eeuw tot 1996 werden meer dan 150.000 inheemse kinderen naar speciale internaten gestuurd om te worden opgevoed in de geest van de westerse beschaving. Kinderen werden er geslagen en seksueel misbruikt. Duizenden kinderen kwamen om door honger en verwaarlozing.

De scholen stonden onder leiding van christelijke, vooral rooms-katholieke organisaties. Tijdens zijn bezoek toonde de paus berouw over de rol die de Rooms-Katholieke Kerk speelde bij de vele misstanden op de scholen. Hij sprak over de pijn en schaamte die hij daarover voelde.

Tijdens de terugreis vroeg een Canadese verslaggever hem waarom hij niet de term ‘genocide’ had gebruikt. De paus antwoordde dat hij „daar niet aan had gedacht”, maar de gebeurtenissen wel als zodanig had beschreven. „Ik heb vergiffenis gevraagd voor deze activiteiten, die genocide waren”, zei Franciscus tegen de journalisten aan boord van het pauselijke vliegtuig. „Ja, het is genocide, ja, ja, overduidelijk.”