Hij sprak ook over schaamte en pijn over de rol van de kerk bij de misstanden op de internaten waar deze kinderen werden geplaatst. De paus bood excuses aan voor het gedrag van christenen die de „koloniserende mentaliteit” van de vroegere Canadese regeringen hebben gesteund.

De kwestie gaat terug tot de jaren tachtig van de negentiende eeuw. Toen besloot de Canadese overheid dat inheemse kinderen naar speciale scholen moesten om ze op te voeden in de geest van de westerse beschaving. De scholen werden gerund door verscheidene kerken, vooral de rooms-katholieke. Ze stelden zich tot doel „de indiaan uit het kind te halen.” Volgens paus Franciscus had dit beleid van assimilatie een verwoestende werking op generaties inheemse volkeren.

Kinderen werden door de verplichte schoolopleiding in meer dan 130 internaten van hun families en leefgemeenschappen gescheiden. Ze mochten hun eigen taal niet spreken en zagen vaak hun broers of zussen in dezelfde instelling nauwelijks meer. Het ging naar schatting om 150.000 kinderen.

De speciale scholen werden met zo min mogelijk geld draaiende gehouden. Allerlei misstanden en de geestelijke ontreddering van de kinderen leidden tot de dood van veel scholieren. Daar werd nauwelijks ruchtbaarheid aan gegeven. Bij tal van de scholen zijn later massagraven ontdekt. De laatste speciale school sloot in 1996.