De synode, die vergaderde in Lunteren, nam met zes tegenstemmen het besluit aan om Utrecht als de nieuwe vestigingsplaats van de PThU te kiezen. Het leek er lang op dat de synode een tegenvoorstel zou aannemen om het besluit te heroverwegen. Dit tegenvoorstel was ondertekend door 21 van de ongeveer 60 synodeleden en leek daarmee een meerderheid te zullen krijgen.

De synodeleden toonden zich tijdens de bespreking gefrustreerd door het feit dat het synodebestuur (moderamen) en de bestuurders van de PThU benadrukten dat het opschorten van een besluit op tal van terreinen tot grote problemen zou leiden. Ook benadrukte scriba dr. R. de Reuver dat de synode het besluit eigenlijk slechts marginaal kon toetsen omdat de Raad van Toezicht het gremium is dat namens de synode toezicht houdt op de PThU.

Na een lange schorsing probeerden diverse sprekers de ergernis van de synodeleden weg te nemen. Na een tweede schorsing werd het tegenvoorstel ingetrokken. Omdat er nu een amendement werd ingediend door ouderling C. M. Molenaar (Veenendaal) waarin de PThU werd opgeroepen ten behoeve van de diverse modaliteiten, waaronder bijvoorbeeld de onderzoekers en docenten vanwege de Gereformeerde Bond, de samenwerking met de VU en de RUG te blijven zoeken, schorste de preses opnieuw. Scriba dr. De Reuver zei daarna dat het moderamen dit amendement overneemt. Vervolgens stemde de synode in met het besluit met slechts 6 van de 54 stemmen tegen.