Het RIVM beloofde snel met een nieuwe lijst te komen na fouten in de eerste versie. Het instituut meldde in eerste instantie dat stallen „met moderne emissiereducerende technieken” een code kregen die juist hoort bij een minder schoon staltype. Dit is in de nieuwe lijst aangepast, maar volgens BBB heeft een groot deel van de bedrijven op de nieuwe lijst nu een hogere uitstoot dan bij publicatie van de eerste lijst. Ook de vergunde ruimte in bijvoorbeeld Gelderland komt niet overeen met de getallen op de lijst. Gemeenten zouden de aantallen op de lijst ook niet herkennen.

De eerste lijst met de top 100 piekbelasters in Nederland werd eerder op verzoek van GroenLinks naar de Tweede Kamer gestuurd. Daarbij werd ook een lijst verstuurd met de top 100 grootste uitstoters van ammoniak (een stikstofverbinding). Dat zijn voornamelijk veehouderijen.

Het RIVM zegt in een reactie bereid te zijn uitleg te geven over de totstandkoming van de nieuwe ammoniaklijst nu er weer onduidelijkheid is ontstaan. „We merken dat die boodschap niet duidelijk is overgekomen”, aldus het RIVM. De instantie is ook bereid om de Tweede Kamer op korte termijn bij te praten om verdere onduidelijkheden te voorkomen. Ook zal het RIVM waar nodig toelichtingen geven aan gemeenten of provincies.

LTO zegt in een reactie „zorgelijke signalen” te krijgen vanuit regionale afdelingen. De organisatie benadrukt dat „zeker in een dossier waar er zo veel zorg is over de betrouwbaarheid” de cijfers moeten kloppen.