Het college van Gedeputeerde Staten van Utrecht mocht de vergunningen intrekken, omdat in de strafrechtelijke vervolging werd aangetoond dat het bedrijf mestfraude pleegde, bevestigde de Raad van State. Het familiebedrijf was in beroep gegaan tegen het intrekken van de vergunningen door de provincie. Volgens de biogascentrale mocht de eerdere veroordeling niet meegenomen worden.

In de strafrechtelijke vervolging kregen de leidinggevenden van het bedrijf taakstraffen en tienduizenden euro’s boete. Bij het verhandelen van hun restproduct als meststof werden valse papieren gebruikt. Gevangenisstraffen voor de directeur en zijn oom bleven uit. Volgens de rechtbank werd niet duidelijk hoe schadelijk het restproduct was.

De reststof die vrijkomt bij de productie van biogas wordt meestal verbrand of gecomposteerd. De biogascentrale in Bunschoten gebruikte het echter als meststof, zonder daarbij volledig aan de strenge regelgeving te voldoen. Het werd in elk geval bij één boerenbedrijf als meststof uitgereden over het land.