De peuter zou op de dag van haar dood ernstig zijn mishandeld door de moeder. Volgens het OM is het kind onder meer bij de keel gegrepen en opgetild, gestompt in het gezicht en tegen het lichaam en tegen de grond, in de badkuip en onder het bed gegooid. Savanna is aan een bed vastgebonden en moest daarna de sok of de washand diep in haar mond stoppen. Het OM gaat er verder vanuit dat de moeder mogelijk met hulp van een of twee andere verdachten de mond van haar dochter heeft afgeplakt met tape, waarna ze het kind alleen achter liet in een afgesloten kamer.

De aanklagers verwijten twee andere verdachten, de 27–jarige stiefvader Mario B. uit Alphen aan den Rijn en de 34–jarige Reffles M. uit Nieuwkoop, mishandeling en wederrechtelijke vrijheidsberoving van het kind. De mannen zouden ook in het verleden hebben meegedaan aan het mishandelen van Savanna. De rechtbank behandelt de zaak maandag nog niet inhoudelijk.

Mario B. en diens partner Sonja de J. werden in de nacht van 20 op 21 september in de Overijsselse plaats Holten aangehouden toen ze daar met hun auto een bos in wilden rijden. De politie trof in de kofferbak het in een zeil en vuilniszak ingepakte lijkje van Savanna en een schep aan.

Uit onderzoek is gebleken dat het meisje in de ochtend van maandag 20 september in de woning van haar moeder in Alphen aan den Rijn is overleden. Mario B. heeft verklaard dat hij daarbij niet aanwezig was. Ook de vrouw ontkent dat ze haar destijds 3-jarige dochtertje om het leven heeft gebracht. Het duo heeft wel verklaard dat Savanna wel eens lastig was en dat het meisje daarom wel eens een tik kreeg of onder een koude douche werd gezet. De man en vrouw worden onderworpen aan psychologisch en psychiatrisch onderzoek.