Het bedrijf werd in 2005 stilgelegd na een conflict tussen provincie en Edelchemie over het naleven van de vergunning. In 2012 volgde een inval door de provincie vanwege de veronderstelde vervuiling van het terrein. Al wat er lag en stond aan afvalstoffen is gesaneerd. De kosten van 1,2 miljoen euro werden op Edelchemie verhaald. Arcadis stelde vervolgens een onderzoek in naar de bodemverontreiniging. Sanering kost tussen de 2,5 en 3 miljoen, te betalen door Edelchemie.

Wat de provincie gaat doen als Edelchemie de kosten oor de sanering niet betaalt, is nog niet duidelijk.

In 2017 legde de rechtbank de directeur en het bedrijf een boete op van in totaal ruim 50.000 euro in verband met vervuiling. Uit het onderzoek door Arcadis blijkt dat de bodemvervuiling geen bedreiging vormt voor drinkwaterputten van waterleidingmaatschappij Limburg. Deze aanname was voor de provincie in 2012 een belangrijke reden om in te grijpen. Directeur Leo Nevels van Edelchemie heeft altijd ontkend dat de bodemverontreiniging een bedreiging voor de drinkwatervoorziening is.

Edelchemie heeft momenteel nog een vestiging in het Belgische Dilsen-Stokkem. Het bedrijf is gespecialiseerd in de terugwinning van nikkel, koper, tin en zilver en de verwerking van salpeterzuur, zwavelzuur, ammoniak en ammoniumhoudende afvalstoffen. De vestiging in Panheel is na 2005 niet meer in bedrijf geweest.