De Algemene Rekenkamer stelde vast dat het ministerie zo’n vijf miljard euro heeft uitgegeven waarbij niet aan de regels is voldaan. Het ging daarbij meestal om uitgaven in het kader van de bestrijding van de coronacrisis. Als gevolg van de schending van die regels, kan niet altijd gecontroleerd worden of het geld wel goed terecht is gekomen. Bovendien is er te weinig democratisch toezicht op geweest doordat de Tweede en Eerste Kamer niet altijd op tijd werden geïnformeerd.

Volgens De Jonge klinkt de kritiek dat er miljarden „onrechtmatig” zijn uitgegeven ernstiger dan zij is. Soms gaat het om administratieve tekortkomingen, zoals het ontbreken van een paraaf of een pakbon. In andere gevallen is bewust van de regels afgeweken omdat er haast geboden was. „Op het moment dat er beademingsapparatuur moet worden aangeschaft, testmateriaal moet worden aangeschaft, laboratoria moeten worden gecontracteerd, dan is het niet altijd mogelijk om op alle momenten alle formele regels en stappen te zetten.”

De bewindsman denkt niet dat het geld verkeerd is terechtgekomen. Als een leverancier onterecht had beweerd dat er een beademingsapparaat was geleverd, had het ziekenhuis dat dat apparaat zou ontvangen wel van zich hebben laten horen, redeneert hij.

De Rekenkamer erkent in het rapport dat een deel van de onrechtmatigheden het gevolg is van de crisissituatie, maar zegt erbij dat ook bestaande problemen aan het licht zijn gekomen. „Het financieel beheer heeft zwakheden laten zien”, zei De Jonge daarover. „Daar moeten we aan werken.” De administratie van zijn ministerie krijgt er daarom 25 medewerkers bij. Ook wat betreft het informeren van het parlement beloofde hij voor dit jaar beterschap.