Tijdens het restauratieproject, dat zeven maanden duurde, zwoegden ruim vijftig man om het schip boven water te houden. Het was hoog tijd dat het zogenoemde spiegelretourschip opgekalefaterd werd. Letterlijk, want zo heet de oude techniek die is gebruikt om de naden tussen het hout te dichten met hennepvlas. Meter na meter beitelde een breeuwploeg –kalefateren wordt ook wel breeuwen genoemd– het henneptouw in de kieren van de Amsterdam. Dat gebeurde, net als in de 18e eeuw, volledig met de hand. Ook kreeg het schip onder meer drie nieuwe masten en een nieuw verfjasje.

Origineel is het transportschip niet. De eerste versie van de Amsterdam zonk in 1749 bij de Engelse kust. De bemanning bleek destijds niet opgewassen te zijn tegen de zware storm die het schip overviel. De tweede versie het schip legde in 1991 veilig aan bij de steiger van het Scheepvaartmuseum. In plaats van VOC-personeel steken nu jaarlijks ruim 300.000 bezoekers de loopplank over.