Volgens een familielid van Buyoya overleed hij onderweg naar Parijs. Hij wilde naar Frankrijk voor medische zorg.

Buyoya leidde het Oost-Afrikaanse land tussen 1987 en 1993 en tussen 1996 en 2003. Hij zou de hand hebben gehad in de moord op Melchior Ndadaye, die in 1993 president werd. Na de moord brak een burgeroorlog uit die tien jaar duurde en 300.000 levens eiste.

Ndadaye was de eerste democratisch gekozen leider van Burundi. Buyoya kwam in 1987 aan de macht door middel van een staatsgreep. Hij nam zijn macht in 1996 op dezelfde manier terug, daarbij werd Ndadaye dus vermoord.