Ook moedigde hij slachtoffers van seksueel misbruik door geestelijken aan zich te melden. Mahony, hoofd van het grootste rooms-katholieke bisdom in de VS, doorbrak voor het eerst zijn stilzwijgen over het pedofilieschandaal in de Rooms-Katholieke Kerk in de VS. „Ik aanvaard mijn verantwoordelijkheid volledig om alle leden van Gods volk te beschermen tegen elk wangedrag of misbruik”, verklaarde hij tegenover kerkleden en 300 priesters die een mis bijwoonden in Long Beach.

De kardinaal zei ook voorstander te zijn van een discussie in de Rooms-Katholieke Kerk over het verplichte celibaat voor priesters.