De geschiedenis van de Goudse gemeente begint overigens al eerder: op 1 september 1892 institueerde ds. C. de Groot uit Waddinxveen een ”opnieuw geopenbaarde christelijke gereformeerde kerk” in Gouda. In 1893 werd de gemeente samen met die van Waddinxveen ”christelijk afgescheiden”. Ouderling H. A. Minderman verkreeg een aanstelling als lerend ouderling. Al snel daarna ging Gouda echter in op een verzoek van „zes broeders” om zich opnieuw te verenigen met de –in 1892 ontstane– Christelijke Gereformeerde Kerken. Die vereniging kreeg in 1894 beslag. In 1895 werd lerend ouderling Minderman bevestigd als eerste predikant van de gemeente. Begin 1897 vertrok hij naar Rotterdam.

De cgk in Gouda komt sinds 1927 samen in kerkgebouw ”Lichtwijzer” aan de Hoge Gouwe, aan de rand van het historische centrum. Predikant is sinds 2012 dr. B. Loonstra. De gemeente onderhoudt een zusterkerkrelatie met de gereformeerde kerk vrijgemaakt in de stad. Zo is er sprake van kanselruil en worden er gezamenlijke diensten en avondmaalsvieringen gehouden.