Ds. MacDonald is momenteel intensief betrokken bij de rechtszaak die de Free Church of Scotland (Continuing) tegen de Free Church heeft aangespannen over de naam en de kerkelijke goederen. Hij is predikant van de Buccleuch en Greyfriars-kerk in Edinburgh en onder meer hoofdredacteur van de The Monthly Record, het blad van de Free Church.

Ds. MacDonald was in het verleden belast met diverse uitvoerende taken voor de Free Church, intern en naar buiten toe. Hij beschouwt het als de „hoogste eer” om gekozen te worden tot preses van de kerk die hij liefheeft, „met al haar gebreken en tekortkomingen”, zei hij in reactie op zijn benoeming.