De Rijksrecherche heeft een oriënterend feitenonderzoek gedaan naar mogelijk strafbaar handelen van Van Nimwegen, die onder meer werd beticht van privégebruik van een OM-dienstauto met chauffeur. Dit onderzoek heeft niet tot een strafzaak geleid.

De commissie-Fokkens deed onderzoek naar aanleiding van berichten in NRC Handelsblad over een relatie tussen Van Nimwegen en de hoofdofficier van justitie van het Functioneel Parket, Marianne Bloos. Zijn dienstverband en dat van Bloos zijn uiteindelijk beëindigd. De commissie stelde dat er „sterke aanwijzingen” waren dat de topfunctionarissen vanaf 2011 een relatie hadden toen zij in een hiërarchische verhouding tot elkaar stonden. Doordat zij dit lange tijd zouden hebben verzwegen, zouden zij de integriteitsregels met voeten hebben getreden.

Ook bij de aanbesteding van software aan een bedrijf van de zwager van Van Nimwegen zouden volgens de commissie integriteitsregels zijn geschonden. Van Nimwegen klaagt de onderzoekscommissie en het Openbaar Ministerie aan omdat hij eerherstel wil. Hij verwacht uit het dossier van de Rijksrecherche „een ander en meer compleet beeld” te kunnen krijgen en zich hiermee beter te kunnen verdedigen tegen de „publieke vernedering” die hij heeft meegemaakt.

De advocaten van het OM hadden de kortgedingrechter een week geleden gevraagd de verzoeken af te wijzen, mede vanwege het behoud van de anonimiteit van de getuigen die door de Rijksrecherche zijn gehoord. Het dossier bevat zogenoemde politiegegevens en in de Wet Politiegegevens is bepaald dat zulke gegevens alleen onder strikte voorwaarden mogen worden verstrekt. De kortgedingrechter, een burgerlijke rechter, oordeelt dat Van Nimwegen voor zijn verzoek bij de bestuursrechter moet zijn. Om die reden werden zijn verzoeken in de kortgedingprocedure niet-ontvankelijk verklaard.