De organisatie zou in 1998 voor ten minste 200 miljoen dollar (161 miljoen euro) aan kosten uit de boeken hebben gehouden om zo de cijfers op te krikken.

Dit is bekend geworden door een onderzoek van het ministerie van Volkshuisvesting. Fannie Mae en zusterbedrijf Freddie Mac waren vroeger overheidsinstellingen die hypotheken van banken garandeerden en zelf hypotheken verstrekten. Beide organisaties zijn verzelfstandigd, maar vallen nog onder het toezicht van de zogeheten Office of Federal Housing Enterprise Oversight van het ministerie.

Fannie Mae en Freddie Mac beheren of garanderen bijna de helft van de 7,8 biljoen dollar aan hypotheken in de VS. Het is nog onduidelijk of de onderzoeken van de SEC en van justitie alleen het jaar 1998 betreffen of dat men de boekhouding van meer jaren gaat onderzoeken.