De wetenschappelijke commissie-Hordijk hield de stikstofmetingen en -berekeningen van de overheid kritisch tegen het licht. Hordijk vindt het „niet verdedigbaar” dat voor het berekenen van de stikstofuitstoot van bijvoorbeeld het verbreden van een weg een ander rekenmodel wordt gebruikt dan voor bijvoorbeeld de bouw van stallen. Bij wegen wordt alleen gekeken naar de stikstofoxiden die binnen 5 kilometer neerdalen in de natuur, terwijl het grootste deel van die stikstofverbindingen in werkelijkheid veel verder van de bron terechtkomt.

Volgens het RIVM zou het opvolgen van het advies leiden tot minder nauwkeurige resultaten. Ook zou het ervoor zorgen dat de verkeersuitstoot op twee verschillende manieren wordt berekend, omdat het systeem waarmee de luchtkwaliteit in de gaten wordt gehouden gewoon doordraait. „Dit maakt het totale luchtbeleid complexer en minder consistent.”

De commissie stelt ook voor om de neerslag van stikstof niet meer per hectare te berekenen, maar voor een groter gebied, omdat de uitkomst dan betrouwbaarder is. Het RIVM zegt dit technisch eenvoudig te kunnen uitvoeren. „Het is wel belangrijk om de juridische en ecologische gevolgen van deze aanpassing te onderzoeken.” Ook zou nog nader bepaald moeten worden welke hectares geclusterd moeten worden. Dat staat niet in het advies.

In het uitbreiden van satellietmetingen, waar in het advies voor wordt gepleit, ziet het RIVM ook wel iets. Daar heeft het instituut al een begin mee gemaakt, samen met het KNMI. Toch tempert het RIVM de verwachtingen: satellietmetingen zijn duur en nu nog minder betrouwbaar dan metingen op de grond. Dat kan in de toekomst veranderen, maar binnen vijf jaar verwacht het RIVM geen grote ontwikkelingen hierin.

Naar diverse kritiekpunten van de commissie moet nader onderzoek worden gedaan, stelt het RIVM. Het instituut laat weten dat het „graag in gesprek gaat met het adviescollege om verder van gedachten te wisselen over dit voorstel”.