Kok vertelde de commissie–Duivesteijn dat hij destijds wel aan zijn partijgenoten duidelijk heeft gemaakt dat het kabinet veel belang hechtte aan zijn eigen voorstel.

PvdA–Kamerlid Van Heemst zei een dag eerder tegen de commissie dat Kok had gezinspeeld op een kabinetscrisis, maar de oud–minister–president deed dat af als „onzin". Van Heemst trok destijds na een gesprek met Kok een motie in, die kon rekenen op een meerderheid in de Tweede Kamer.

Die motie pleitte voor de Bos–variant, een alternatieve route voor de HSL–Zuid, dichter langs bestaande snelwegen. Het kabinet koos voor een tracé door het Groene Hart in Zuid–Holland. Om daar de natuur te ontzien moest een tunnel worden aangelegd die de spoorlijn 900 miljoen gulden duurder zou maken.

De commissie–Duivesteijn ontrafelt de besluitvorming rond grote projecten als de HSL–Zuid en de Betuwelijn. Bij dit soort projecten lijkt prestige van politici een grote rol te spelen en zouden alternatieven daarom niet serieus bekeken worden. Voormalig VVD–minister Jorritsma (Verkeer) bezwoer de commissie vrijdag dat het kabinet geen besluit had genomen zonder eerst de Bos–variant serieus onderzocht te hebben, ook al was zijzelf voor het tracé „langs de rand van het Groene Hart." Haar PvdA–collega De Boer was wel voor de Bos–variant, maar kon zich ook vinden in het oorspronkelijke tracé, mits er een tunnel zou komen onder het Groene Hart.

De commissie confronteerde de oud–bewindslieden met een boze brief van VVD–minister Zalm (Financiën) van november 1995. Hij schreef hun dat de studie naar de Bos–variant de indruk kan wekken dat het kabinet die variant serieus zou nemen en zou accepteren dat de lijn duurder wordt.

Voor oud–premier Kok woog zwaar dat de keuze voor de Bos–variant jaren vertraging zou betekenen en de spoorverbinding ongeveer 3 miljard gulden duurder zou maken. Bovendien waren over de HSL–Zuid afspraken gemaakt in het regeerakkoord van PvdA, VVD en D66. Gedurende de regeringsperiode van het kabinet–Kok–I kozen de fracties van PvdA en D66 voor de Bos–variant, die in het regeerakkoord niet werd genoemd. De VVD wilde vasthouden aan het tracé, zoals dat in het akkoord stond.

Oud–minister De Boer zei daarover, dat in het regeerakkoord ook stond dat bij de HSL–Zuid de procedure van de zogeheten planologische kernbeslissing (pkb) zou worden toegepast. Zo’n pkb voorziet in inspraak. Het kabinet is volgens De Boer gehouden eventuele alternatieven uit de inspraak, zoals later de Bos–variant, serieus te bezien.