De bloedige ontknoping van het drama begon vrijdag aan het begin van de middag (lokale tijd) twee dagen nadat gewapende Tsjetsjeense opstandelingen op de eerste schooldag zich meester hadden gemaakt van de school. Tijdens een staakt–het–vuren om de autoriteiten de mogelijkheid te geven slachtoffers te bergen, probeerden gijzelaars te ontsnappen.

De chaos ontstond nadat reddingswerkers zoals overeengekomen met de terroristen, naar het gebouw waren gereden om de lichamen van tien tot twintig gedode gijzelaars op te halen. Kort daarop volgden ten minste drie explosies waarvan er naar verluidt één het werk was van Russische troepen. Zij wilden een gat in de muur van de gymzaal maken.

Toen tientallen gijzelaars het gebouw door dat gat probeerden te ontvluchten, openden de gijzelnemers het vuur. Volgens een jongen die wist te ontkomen, schoten de terroristen vanaf het dak op degenen die probeerden te ontsnappen. Daarop bestormden militairen het schoolgebouw. De Russische autoriteiten spreken tegen dat er sprake was van een vooraf geplande bevrijdingsactie.

De gymzaal waar veel gijzelaars sinds woensdag werden vastgehouden, is volledig uitgebrand. Het dak is ingestort door een aantal explosies. Alleen al in die zaal zagen ooggetuigen de lichamen van meer dan honderd doden.

Televisiebeelden toonden hoe tientallen gewonden, vaak zwaar bebloed, per ambulance werden afgevoerd. Even na het middaguur was het gebouw in handen van het Russische leger. Ook daarna werd er echter bij de school nog steeds zwaar gevochten. Vermoedelijk hebben enkele terroristen zich verschanst in gebouwen rondom het schoolgebouw met kinderen als gijzelaar.

Twintig van de gijzelnemers, onder wie tien mensen uit de Arabische wereld, hebben volgens de Russische autoriteiten de dood gevonden. Zeker dertien andere terroristen zouden zijn ontkomen en hebben daarbij kinderen als menselijk schild gebruikt. Een onbekend aantal gijzelnemers zou zijn gearresteerd.

De terroristen die onafhankelijkheid voor Tsjetsjenië eisen, weigerden twee dagen lang voedsel, water en medicijnen. Overlevenden beschreven ten overstaan van televisiezenders hoe ze gedwongen waren urine te drinken om vocht binnen te krijgen. Veel kinderen hadden ten tijde van hun ontsnapping slechts ondergoed aan vanwege de extreem hoge temperaturen in de school.

Woensdag vielen de terroristen het schoolgebouw binnen. Daar waren op dat moment honderden ouders, leerkrachten en kinderen aanwezig. De autoriteiten hielden het aanvankelijk op slechts 354 gegijzelden, maar stelden dat aantal vrijdag naar boven bij tot 1200, onder wie bijna 850 kinderen. Op woensdag en donderdag zouden zeker twaalf gijzelaars zijn gedood.

President Poetin zei donderdag dat er alles aan werd gedaan om een bloedbad te voorkomen. De autoriteiten zeiden de school niet te zullen bestormen. Die woorden zijn door verscheidene personen met scepsis ontvangen. Volgens de Nederlander A. Zjyrov, wiens echtgenote overleed door de bevrijdingsactie bij het gijzeldrama in het Moskouse theater Doebrovka in oktober 2002 hebben „de Russen nooit de intentie gehad om te onderhandelen met de gijzelnemers".