Hendrawan werd vrijgesproken van medeplichtigheid aan de bomaanslagen van 2002 op Bali. Volgens de rechtbank kon hij daar niet voor vervolgd worden onder de antiterreurwet. De rechter verwees naar een recent arrest van het Constitutionele Hof dat de toepassing van deze wet met terugwerkende kracht verbood. Bij de aanslagen op Bali vielen 202 doden.

Hendrawan heeft zijn betrokkenheid bij de aanslag op het Marriott-hotel zowel als de aanslagen op Bali bekend. Voor de rechter zei hij eerder dat de aanslagen waren gericht tegen de Verenigde Staten „en hun trawanten, die de islam aanvallen.”