FIN heeft daarom in een open brief op de eigen website zijn onvrede geuit. De kritiek spitst zich onder meer toe op de bevooroordeelde houding ten opzichte van de Bersiap en het betrekken van Bersiap-ontkenners bij het onderzoek. Bersiap is uiterst gewelddadige periode in de Nederlandse en Indonesische geschiedenis die duurde van oktober 1945 tot begin 1946.

Volgens het FIN leidt onderzoek leidt al langere tijd tot onrust onder direct betrokkenen, met name in de Nederlands-Indische gemeenschap. Daar overheerst het gevoel dat wordt toegewerkt naar een maatschappelijk wenselijke conclusie. Een conclusie waarin alleen plaats lijkt voor Indonesisch slachtofferschap, terwijl Nederlands leed wordt gebagatelliseerd.

Het onderzoek wordt uitgevoerd door het Koninklijk Instituut van Taal-Land- en Volkenkunde, het Nederlands Instituut voor Militaire Historie en het Instituut voor Oorlogs-, Holocaust- en Genocidestudies.