Hij verklaarde zijn ordegenoot prof. dr. E. Schillebeeckx de oorlog en verweet niet alleen de Nederlandse bisschoppen, maar ook paus Paulus VI slap te zijn bij de handhaving van de zuivere leer van de kerk. Zijn voorbeeld was de uiterst behoudende paus Pius X.

Van der Ploeg liep kort na de oorlog een grote wetenschappelijke frustratie op, omdat hij de betekenis van de Dode-Zeerollen niet op tijd besefte. Toen de Syrische bisschop Mar Athanasios hem de rollen in juli 1947 toonde, zag hij onmiddellijk dat het om zeer oude handschriften ging, maar hij nam niet de moeite na te gaan of ze van ver voor de geboorte van Christus dateerden. Amerikaanse geleerden streken uiteindelijk met de eer van de ontdekking.