De komst van de school van de Stichting Islamitisch Onderwijs (SIO) was omstreden, onder meer omdat een voormalig bestuurslid zijn sympathie had betuigd voor de terreurgroep Islamitische Staat. De gemeente Amsterdam was tegen de komst van de school. Volgens toenmalig onderwijswethouder Simone Kukenheim stond „het schoolbestuur met de rug naar de samenleving”.

Ook Sander Dekker, destijds staatssecretaris van Onderwijs, wilde de school eigenlijk niet. Hij had geen vertrouwen in het bestuur en vreesde dat leerlingen zich van de Nederlandse maatschappij zouden afkeren. De Raad van State oordeelde echter dat hij de onderwijsinstelling toch moest financieren.

De Onderwijsinspectie zag onlangs af van publicatie van de beoordeling van het Cornelius Haga Lyceum, omdat er „ernstige signalen” waren binnengekomen. Welke dat waren, werd toen niet bekendgemaakt. De school bestaat nu anderhalf jaar.