De missie is bedoeld om piraten af te schrikken in het zuidelijke deel van de Rode Zee, de Indische Oceaan en de Golf van Aden. Onder meer schepen van het Wereldvoedselprogramma van de VN worden beschermd. EU-schepen houden ook de visserij in de regio in de gaten.

Voor Operatie Atalanta worden ongeveer 1200 man ingezet, met vier tot zes schepen en twee of drie patrouillevliegtuigen. De Nederlandse marine was sinds het begin in december 2008 actief voor de missie, maar levert dit jaar geen bijdrage, door problemen met de inzetbaarheid van patrouilleschepen, personeelstekorten en NAVO-verplichtingen.

Vanwege de brexit worden Europese marine-operaties vanaf 29 maart 2019 niet langer aangestuurd vanuit het Verenigd Koninkrijk. Het hoofdkwartier van EU NAVFOR verhuist dan van het Britse Northwood naar Rota in Spanje en Brest in Frankrijk. De huidige commandant, generaal-majoor Charlie Stickland, draagt dan het commando over aan de Spaanse viceadmiraal Antonio Martorell Lacave.