Hij werd in 2007 door een Duitse rechtbank na een geruchtmakend proces tot vijf jaar cel veroordeeld wegens het ontkennen van de Holocaust. Dat was de zwaarste straf ooit uitgesproken voor dit in Duitsland strafbare vergrijp. De rechter kwalificeerde Zündel als „een gevaarlijk politieke agitator, fanatieke nazi en een extreme antisemiet”. In 2010 kwam hij weer vrij.

Zündel woonde tientallen jaren in Canada. Van daaruit beweerde hij dat de holocaust een joods verzinsel was. Ook omschreef hij Adolf Hitler meermalen als „een vredelievende leider.” Hij werd sinds de jaren ’80 van vorige eeuw meermalen aangeklaagd en veroordeeld wegens het verspreiden van onder meer valse informatie en nazi-propaganda.

Hij werd in 2005 door Canada uitgeleverd aan Duitsland. Canada omschreef Zündel destijds als „een gevaar voor de nationale veiligheid”.