Bauer is nu de plaatsvervanger van Middendorp, die sinds 28 juni 2012 de hoogste militair van Nederland is. Wanneer Bauer, die zal worden bevorderd tot luitenant-admiraal, het commando gaat overnemen, wordt later bekendgemaakt. Dan wordt ook bekend wat generaal Middendorp gaat doen.

Sinds september 2015 vervult Bauer (in 1962 geboren) de functie van plaatsvervangend Commandant der Strijdkrachten. In deze functie is hij tevens voorzitter van het Platform Defensie-Bedrijfsleven (met VNO-NCW) en bestuurslid van het Nationaal Comité 4 en 5 mei.

De Commandant der Strijdkrachten is de hoogste militair van Defensie en geeft leiding aan de militairen en burgers van de marine, landmacht en luchtmacht.