Justitie verdenkt Boonstra ervan voorwetenschap te hebben gebruikt bij de aankoop van een pakket aandelen in het amusementsconcern Endemol. De rechtbank in Amsterdam sprak hem in mei 2003 op dit punt vrij, waarop het Openbaar Ministerie (OM) hoger beroep aantekende.

Boonstra greep de stap van het OM aan om een veroordeling op een ander punt in deze zaak ook voor te leggen aan een hogere rechter. De rechtbank heeft de voormalig topbestuurder namelijk wel veroordeeld voor het niet–melden van transacties in aandelen en obligaties van supermarktconcern Ahold. Daarvoor kreeg hij een vrij forse boete van 135.000 euro, onder meer omdat Boonstra ook commissaris was bij Ahold en handelde in een periode dat de toezichthouders dit niet mochten doen.