Het paar ging in 1993 in Chili wonen. Margot Honecker stond bekend als de „paarse heks” vanwege de kleur van haar haar en haar hardheid. Ze gold in de DDR als een vrouw van de harde lijn. Behalve ‘first lady’ was zij minister van Openbaar Onderwijs. In die hoedanigheid liet zij op scholen de socialistische ideologie er tot kort voor de val van de Muur instampen. Tot op het laatste moment hield ze vol dat het socialisme desnoods met het wapen in de hand verdedigd moest worden.

Na de val van de Muur in 1989 en de opheffing van de DDR in 1990 werd Erich Honecker in staat van beschuldiging gesteld omdat hij de grensbewaking mensen had laten doodschieten die de Muur probeerden over te komen.

Hij vluchtte in 1991 met zijn gezin naar Moskou, vroeg tevergeefs asiel in Chileens ambassade en keerde noodgedwongen in Duitsland terug. In 1993 werd de rechtszaak tegen hem wegens zijn gezondheid gestaakt en mocht hij naar Santiago vertrekken. Erich Honecker overleed een jaar later op 81-jarige leeftijd aan leverkanker.

Margot Honecker wordt waarschijnlijk zaterdag begraven in Santiago.