In mei 2015 werd Müller aangesteld om de reorganisatie van de onderneming in goede banen te leiden. Malaysia Airlines kampte jarenlang met grote verliezen en kwam in 2014 in nog grotere problemen door twee spraakmakende crashes. Een toestel (vlucht MH17) werd boven Oost-Oekraïne uit de lucht geschoten, terwijl enkele maanden eerder al een toestel spoorloos was verdwenen tijdens een vlucht naar Peking.

In een poging het bedrijf weer winstgevend te maken, is onder aanvoering van Müller de capaciteit met ongeveer een derde ingeperkt. Daarmee gingen zo’n 6000 banen verloren. Müller blijft wel als niet-uitvoerend bestuurder aan de luchtvaartonderneming verbonden.