Door allerlei tegenslagen en aanpassingen aan het ontwerp volgde uitstel op uitstel. Zo was er gedoe rond de aanbesteding en rond de openstelling van de onderdoorgang voor fietsers, iets waar Pijbes mordicus tegen was.

De nieuwe directeur zette de vaart erin. Een klein jaar na zijn komst kon hij eindelijk het startsein geven voor de renovatie- en nieuwbouwwerkzaamheden. Pijbes sprak van de afsluiting van „een periode van lamlendigheid en besluiteloosheid”. De nieuwe opening zou plaatsvinden in de eerste helft van 2013. Pijbes was ervan overtuigd dat er geen nieuw uitstel volgt. „Dat gaan wij halen”, zei hij.

Tot op detailniveau bemoeide Pijbes zich met de vernieuwing en inrichting van het museum, dat de grandeur van weleer moest laten zien. Elektriciteitsdraden moesten in buisjes achter de muren worden weggewerkt. „Dat is toch geen gezicht”, zei hij. „Dat doe je thuis toch ook niet?”

De geplande openingsdatum werd gehaald: in april 2013 verrichtte toenmalig koningin Beatrix de heropening. Er volgden juichende recensies in de nationale en de internationale pers en het publiek wist het museum in groten getale te vinden. Weekblad Elsevier riep Pijbes eind 2013 uit tot ‘Nederlander van het Jaar’.

De directeur bleef na de heropening niet stilzitten. Hij zocht de media op en schoof regelmatig aan bij De Wereld Draait Door. Niet alleen om te praten over nieuwe tentoonstellingen, maar ook om zijn mening te verkondigen. Zo schreef hij in NRC Next dat Amsterdam „vies, vuig en te vol” is: de hoofdstad kon de aanzwellende stroom toeristen niet meer aan.

In maart 2014 mocht Pijbes de Amerikaanse president Barack Obama rondleiden in het Rijksmuseum. Met zijn hoge gast poseerde hij voor De Nachtwacht. De foto van Obama voor het beroemde schilderij sierde de volgende dag vele buitenlandse kranten.

In het voorjaar van 2015 organiseerde hij de grootste Rembrandt-expositie in jaren. Met ruim een half miljoen bezoekers was het de drukst bezochte tentoonstelling ooit. Als een van de laatste wapenfeiten zorgde hij ervoor dat Rembrandts huwelijksportretten van Maerten Soolmans en Oopjen Coppit in het bezit kwamen van Nederland en Frankrijk.