Het Pentagon kondigde tegelijkertijd echter een onderzoek aan naar berichten dat gevangenen zijn geslagen of dat hun rechten anderszins zijn geschonden.

De ontkenning en het onderzoek volgen op berichten in de Washington Post over een aanval op 23 januari bij Khas Uruzgan, ten noorden van Kandahar, waarbij mogelijk 21 mensen zijn gedood. Ook werden er 27 personen gevangengenomen van wie ten onrechte werd gedacht dat het ging om Taliban- of al-Qaida-strijders.

De later vrijgelaten mannen zeiden tegenover verslaggevers van de Post dat enkelen van hen zo hard waren geslagen dat zij bewusteloos waren geraakt en gekneusde ribben, losse tanden en gezwollen neuzen hadden opgelopen. Andere kranten brachten soortgelijke verslagen.

Het hoofd van de detentieafdeling van de Amerikaanse luchtmachtbasis bij Kandahar in Zuid-Afghanistan, waar de Afghanen werden vastgehouden, luitenant-kolonel Keith Warman, noemde de beschuldigingen ongegrond. Hij zei dat de mannen bij aankomst waren onderzocht en dat enkelen blauwe plekken en kneuzingen hadden, maar geen zwaar letsel zoals gebroken ledematen. De commandant van de basis, kolonel Frank Wiercinski, zei dat onderzoekers van het Rode Kruis geen aanwijzingen hadden gevonden dat gevangenen op de basis waren mishandeld.

Pentagon-woordvoerster Victoria Clarke zei dat minister van Defensie Donald Rumsfeld een onderzoek naar de berichten had gelast. Clarke zei ook dat niets erop wijst dat de berichten waar zijn.

Het incident van 23 januari is vermoedelijk een van de pijnlijkste vergissingen van de Amerikanen in Afghanistan. De commando’s dachten een wapenopslagplaats van al-Qaida aan te vallen, doodden vijftien mensen en namen er 27 gevangen. Nadat Afghanen hadden geklaagd dat zij ten onrechte tot doelwit waren gemaakt en dat onschuldige mensen waren omgekomen, erkende het Amerikaanse leger dat de 27 arrestanten geen Taliban- of al-Qaida-leden waren en stelde ze op vrije voeten.

Het Pentagon heeft meegedeeld dat wordt onderzocht of de mensen die bij de aanval zijn omgekomen, ten onrechte zijn gedood. Volgens Afghaanse bronnen zijn negentien mensen om het leven gebracht, de meesten in hun slaap. Bij een Amerikaans bombardement zouden ook nog twee mensen zijn omgekomen, zodat het totaalaantal dodelijke slachtoffers 21 bedraagt.

De aanval heeft geleid tot een discussie over het aantal burgerslachtoffers van de militaire operatie in Afghanistan. Hoewel gewag is gemaakt van duizenden doden, doet een onderzoek van The Associated Press vermoeden dat het eerder gaat om 500 tot 600 burgerslachtoffers. Onafhankelijke organisaties zijn bezig met eigen onderzoeken.

Het Pentagon zei ook dat Amerikaanse militairen te goeder trouw hadden gehandeld toen zij een verslaggever van de Washington Post, Doug Struck, hadden weggestuurd bij een plek waar een raket was beland die was afgevuurd door een onbemand vliegtuig. Bij de aanval zouden verscheidene mensen zijn omgekomen.

Struck schreef dat een niet bij naam genoemde militair hem had gezegd dat hij „neergeschoten” zou kunnen worden als hij nog dichterbij kwam. Volgens Pentagon-woordvoerder Craig Quigley was Struck gewaarschuwd dat het voor zijn eigen veiligheid beter was dat hij niet verder ging. De militair zou hem hebben toegevoegd: „Je zou bij een vuurgevecht neergeschoten kunnen worden.”