Eisenkot nam de beslissing omdat de afdeling een te prominente rol ging spelen in het leger. De afdeling wordt ondergebracht bij het departement voor manschappen.

De overheveling heeft plaats onder protesten van de nationaal-religieuze partij Bayit Yehudi 
(het Joodse Huis). Ook de vroegere hoofdrabbijn in het leger Avihai Rontzki heeft zich uitgesproken tegen het besluit. Hij raadde op de legerradio de huidige militaire opperrabbijn, Rafi Peretz, aan 
om uit protest op te stappen. 
Volgens Rontzki blijkt uit Eisenkots besluit wantrouwen tegenover het legerrabbinaat.

De afdeling voor Joodse identiteit werd in 2001 opgericht. Het doel was „de gevechtsgeest onder soldaten” te versterken. Ook wilde de afdeling de waardering aanmoedigen voor „de geestelijke schatten van Joodse bronnen.”

De afgelopen jaren raakte het departement echter in opspraak. Critici zeiden dat de afdeling overijverig was in de verbreiding van religieuze en nationalistische ideeën onder de soldaten.

Tijdens een operatie van het leger in de Gazastrook eind 2008 en begin 2009 verspreidde het departement volgens het Israëlische dagblad The Jerusalem Post een pamflet dat soldaten aanmoedigde om „geen genade” tegenover de vijand te betonen. Ook stelde het geschrift dat het verboden was „ook maar een millimeter” concessies aan het bestaan van het land Israël te doen.