Tijdens de bouw was het er geregeld onrustig. Zo bezetten mensen in februari de bouwplaats omdat ze niet wilden dat de moskee er kwam. Mannen van de organisatie Identitair Verzet hadden spandoeken aangebracht met teksten als „In Leiden begint de victorie” en „Stop de islam”. Vicepremier Lodewijk Asscher noemde het toen in een reactie „een kwalijke zaak dat mensen op zo’n manier angst wordt aangejaagd.”

Eerder al, in juli vorig jaar, werden ramen ingegooid van mensen die in de buurt van de nieuwe moskee woonden en tegen de komst van het gebedshuis waren.

De vernielingen aan de moskee zijn aangericht tussen donderdag- en vrijdagmiddag. De politie weet nog niet wie het heeft gedaan en zoekt getuigen.