Contreras was veroordeeld tot veertig celstraffen van bij elkaar meer dan vijfhonderd jaar, vanwege mensenrechtenschendingen tijdens het militaire bewind van 1973 tot 1990. De inlichtingenchef is in verband gebracht met honderden moorden.

Volgens de Waarheids- en Verzoeningscommissie die onderzoek doet naar misdaden tijdens het Pinochet-regime, was de geheime dienst betrokken bij de dood van meer dan 1500 mensen en de marteling van duizenden anderen. Contreras heeft altijd ontkend dat de dienst mensen vermoordde en zei dat er alleen doden vielen bij militaire confrontaties.

De inlichtingendienst van Contreras werd gebruikt om regeringstegenstanders uit de weg te ruimen. Volgens de Waarheidscommissie was de organisatie bekend om haar „durf, geheimzinnigheid en systematische misleiding”.

Contreras werd in september overgebracht naar een ziekenhuis vanwege darmkanker en diabetes. Hij stierf op 86-jarige leeftijd.