Het agentschap deed onderzoek naar de toestand van de zeeën. Hieruit bleek onder meer dat de wateren een hoog gehalte aan schadelijke stoffen bevatten, en dat er steeds meer afval in de zeeën drijft, meestal afkomstig van het vasteland.

De Europese Unie had zichzelf in 2008 drie doelen gesteld: schone, gezonde en productieve zeeën. Van de eerste twee doelen lijkt weinig te zijn terechtgekomen. Het laatste doel, economische productiviteit, is volgens de onderzoekers wel gehaald.