Tijdens de verbouwing gaat het museum de zalen over de Grieken, Etrusken en Romeinen vernieuwen. De ruimte voor tijdelijke exposities wordt vergroot en er komt een betere route voor bezoekers binnen het museum. De instelling grijpt de opknapbeurt tegelijkertijd aan om de brandveiligheid en klimaatbeheersing te verbeteren.

De museumwinkel en de activiteiten van het museum krijgen tijdens de sluiting een tijdelijk onderkomen in een winkelpand aan de Nieuwe Rijn in de binnenstad van Leiden. De museumcollectie blijft deels zichtbaar op tien tentoonstellingen in binnen- en buitenland.