De dood van Nisman is nog altijd onopgehelderd. Hij werd 18 januari dood gevonden in zijn woning. Hij was door het hoofd geschoten en lag in een plas bloed, maar of er sprake is van zelfmoord of moord is niet duidelijk.

Het overlijden van Nisman kwam echter op een pikant moment. Daags na zijn dood zou hij het parlement informeren over de stand van zaken in zijn onderzoek naar een terroristische aanslag op een Joods centrum in 1994. Nisman zou hebben willen betogen dat president Cristina Fernández de Kircher, de minister van Buitenlandse Zaken Héctor Timerman en enkele anderen de terroristen uit met name Iran uit de wind wilden houden vanwege een geheime overeenkomst met dat land.