De bezetting begon toen op 16 mei 1969 en duurde vijf dagen. De bezetters eisten meer democratie en medezeggenschap op alle niveaus. Het pand werd hermetisch afgesloten en via een raam en een geïmproviseerde brug over het naastgelegen straatje werd voedsel naar binnen gebracht. Op 21 mei maakte de politie een hardhandig einde aan de bezetting.

Deze bezetting geldt als het symbool van het studentenprotest tegen het autoritaire onderwijssysteem op de universiteiten. Sindsdien werd het Maagdenhuis nog herhaaldelijk bezet. In 1978 bijvoorbeeld twee keer uit protest tegen wijziging in de Wet op de bestuursstructuur en in 1986 uit protest tegen wijzigingen in de studiefinanciering.

In februari 2005 werd het pand voor de tiende maal bezet door studenten die het niet eens waren met de plannen van de overheid het collegegeld te verhogen. De bezetting duurde slechts zeven uur. Rond 02.00 uur in de ochtend werd het pand door de mobiele eenheid ontruimd. De meeste studenten zijn toen veroordeeld tot een geldboete. Studenten die in beroep waren gegaan, zijn later door het gerechtshof in Amsterdam vrijgesproken. Er was toen op het moment van de actie een openbare lezing aan de gang en volgens het hof is er dan geen sprake van lokaalvredebreuk.

Het gebouw dateert uit 1780. De naam verwijst naar het Rooms Catholijk Maagdenhuis dat zich van 1629 tot 1953 aan het Spui bevond. Het was een weeshuis voor katholieke meisjes.