Krajisnik is aangeklaagd wegens genocide (volkenmoord), misdaden tegen de mensheid en oorlogsmisdaden. De VN–aanklagers beschuldigen hem ervan dat hij de ’etnische zuiveringen’ onder Bosnische moslims en Kroaten samen met anderen heeft gepland en bevolen.

SFOR, de internationale vredesmacht in Bosnië, lichtte de inmiddels 59–jarige Krajisnik op 3 april 2000 van zijn bed. Sindsdien zat die in een Scheveningse VN–cel op het begin van zijn proces te wachten.

In zijn openingspleidooi schetste de Amerikaanse VN–aanklager Mark Harmon de bloedige gebeurtenissen die in het begin van de jaren ’90 gepaard gingen met het uiteenvallen van Joegoslavië. „Europa had sinds de Tweede Wereldoorlog niet meer zulke grootschalige, door de staat gepropageerde misdaden gezien", aldus Harmon: Moorden, deportaties, het uitwissen van dorpen, het vernietigen van religieuze gebouwen.

Harmon beschreef Krajisnik als onderdeel van een gemeenschappelijke criminele onderneming, met als doel de delen van Bosnië die de Serviërs voor zichzelf opeisten, permanent te ’zuiveren’ van moslims en Kroaten. Krajisnik was volgens de aanklagers bij dat plan betrokken samen met Karadzic, Biljana Plavsic, Ratko Mladic, Slobodan Milosevic en anderen.