De populaire politicus kwam in 1976 in het nauw, toen het voormalige model Norman Scott verklaarde dat hij in de jaren zestig een homoseksuele relatie met Thorpe had gehad. De liberaal sprak dat tegen, maar moest wel opstappen als partijleider. Homoseksuele handelingen waren tot in de jaren zestig strafbaar in Groot-Brittannië.

Drie jaar later werd hij aangeklaagd omdat hij een moord op Scott zou hebben gepland om hem het zwijgen op te leggen. Hij werd vrijgesproken, net als drie medeverdachten. De enorme publiciteit rond de zaak zorgde echter voor een vroegtijdig einde van zijn politieke carrière.