Hagel werd door president Barack Obama voorgedragen als minister van Defensie, toen die aan zijn tweede termijn als president begon. Hagel volgde Leon Panetta op. Zowel de partijgenoten van Hagel als de Democraten bekritiseerden hem.

Republikeinen verwijten Hagel bondgenoot Israël onvoldoende te steunen. Bovendien was Hagel in 2007 openlijk tegen het sturen van veel troepen naar Irak, terwijl juist dat hielp in de strijd tegen al-Qaeda en andere militante groepen. Dat was niet de eerste keer dat Hagel kritiek uitte op het Irak-beleid van toenmalig president George W. Bush, nota bene een partijgenoot van hem.

De Democraten hadden vooral problemen met een belegen uitspraak van Hagel over een ambassadeur in Luxemburg. 16 jaar geleden veroordeelde Hagel de benoeming van James Hormel, omdat die „openlijk en agressief homo” was. Zijn benoeming in 2012 werd dan ook nipt goedgekeurd door de Senaatscommissie. Een nieuwe stemming door de hele Senaat in 2013 was duidelijker.

Obama hield altijd vertrouwen in de onafhankelijkheid van Hagel, vooral juist door zijn kritiek op het Irak-beleid. Volgens Obama liet dat zien dat hij meer een individuele politicus is dan een spreekbuis van zijn partij. Ook zijn ervaring sprak voor de minister. De 68-jarige Hagel heeft gediend in het Amerikaanse leger en vocht samen met zijn broer in 1967 en 1968 in Vietnam. Voor zijn verdiensten kreeg hij twee keer de onderscheiding Purple Heart.

Hagel was voor zijn aanstelling als minister 12 jaar lang senator voor de staat Nebraska. Sinds 2009 kon hij in die functie aan zijn band met Obama gaan bouwen. In dat jaar werd hij lid van het adviesorgaan van de president voor de inlichtingendiensten. Samen met Obama reisde Hagel naar Irak en Afghanistan.

Als minister moest Hagel zien te werken met een steeds krapper defensiebudget. Daarnaast trok het Amerikaanse leger zich goeddeels terug uit Afghanistan. De afgelopen maanden moest Hagel als minister vorm geven aan de strijd met terreurgroep IS. Al deze taken vervulde hij zonder echt binnen het team van Obama te passen, maar wel naar tevredenheid van het leeuwendeel van de militairen.