Botin, die uit een familie van bankiers komt, stond sinds 1986 aan het roer van Banco Santander. Naast zijn vader gaf ook zijn grootvader leiding aan de bank. Sinds de aanstelling van Emilio Botin maakte het concern, mede door de vele overnames, een stevige groei door. Onder meer was Banco Santander in 2007 betrokken bij de overname van de Nederlandse bank ABN Amro.

Botin vervulde bij Banco Santander de rol van voorzitter. De dagelijkse leiding is in handen van Javier Romano. Het bestuur van Banco Santander komt later op de dag bijeen om over de opvolging van Botin te praten. Zijn oudste dochter Ana Patricia Botin, die momenteel de leiding heeft over de Britse tak van de bank, lijkt de belangrijkste gegadigde om haar vader op te volgen.