Micropia wordt gevestigd in een van de gerestaureerde rijksmonumenten op het terrein van de dierentuin, in de zogeheten Ledenlokalen. Vroeger bood dit gebouw uit 1870 lange tijd ruimte aan de leden van het genootschap Natura Artis Magistra.

Het nieuwe museum maakt volgens Artis de onzichtbare wereld van micro-organismen zichtbaar. Een micro-organisme of microbe is een wezen dat te klein is om met het blote oog te kunnen zien. Zo past bijvoorbeeld een bacterie, een van de kleinste microben, meer dan een miljoen keer op de punt van een naald. Bacteriën, schimmels, gisten, algen, virussen en microdiertjes maken het leven op aarde mogelijk.

Museum Micropia wil kennis bij het publiek over de functie en het nut van microben vergroten. Het museum biedt ook colleges aan en gaat evenementen en congressen organiseren.